Bu sezon Nesine 3. Lig 3. Grup’ta mücadele eden Yeni Malatyaspor, ilk iki karşılaşmasına çıkmaması nedeniyle Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu (PFDK) kararıyla bir alt lige düşürüldü. Böylece sarı-siyahlı ekibin profesyonel liglerdeki 19 yıllık serüveni sona erdi.
Yeni Malatyaspor, sezonun ilk haftasında Karaman FK ile oynanması gereken karşılaşmaya çıkmadı. Malatya temsilcisi, 12 Eylül’de oynanması planlanan Ejderoğlu Kırşehir FK karşılaşmasında da sahaya çıkmayınca PFDK tarafından 3-0 hükmen mağlup sayıldı. Aynı eylemin sezon içerisinde ikinci kez gerçekleşmesi nedeniyle kulübün bir alt lige düşürülmesine karar verildi.
PFDK ayrıca, Yeni Malatyaspor ile sezonun geri kalanında karşılaşacak takımların müsabakaları oynanmadan hükmen galip sayılmasına hükmetti.
2006-2007 sezonunda 3. Lig’e yükselerek profesyonel liglerdeki yolculuğuna başlayan Yeni Malatyaspor, 2016-2017 sezonunda Süper Lig’e yükselmiş ve Süper Lig’de 5 sezon mücadele etmişti. Sarı-siyahlı ekip, Avrupa kupalarında da Türkiye’yi temsil etmişti.
